Jetson TK1はブートローダとカーネルはSPIフラッシュに配置するみたいです。
私は、カーネル屋さんじゃないので、そこまで頻繁にカーネルを書き換えたりするつもりは無いですが、書き換え限界があって、取り替え不能な素子にカーネルが書かれているのは精神安定上よろしくないので、対策を考えます。
ちょっと調べてみた感じだと、デフォルトはnVidia独自のブートローダが使われるようですが、u-bootも選択できるようです。
ブートローダをu-bootに変更して、SDカードをvfatとext4の2-partitionにして、u-bootからSD上のuImageとかをロードするようにしてみようかな。